Nació en 1968 en San Antonio (Texas), en el seno de una familia de inmigrantes mexicanos. Es el tercero de los ocho hijos de la familia. Después de acabar el instituto estudió en la Universidad de Texas.
Rodriguez escribió el guion de su primer largometraje mientras permanecía internado en las instalaciones de unos laboratorios de investigación como paciente de un experimento clínico remunerado. Este dinero sirvió para pagar el rodaje de su película. Planeó recuperar el dinero vendiendo la película en el mercado del vídeo doméstico mexicano.
La película era El Mariachi (1993), que Rodriguez escribió, dirigió, fotografió, montó y grabó el sonido con un presupuesto de 7.000 dólares. Mientras que seguía investigando la forma de vender la película en el mercado del vídeo, Rodriguez fichó con un influyente agente de ICM. Fue entonces cuando Columbia Pictures compró los derechos y firmó un contrato de dirección de dos años con Rodriguez. El Mariachi terminó ganando el ansiado Premio del Público a la Mejor Película Dramática del Festival de Cine de Sundance, y también fue galardonada en los festivales de Berlín, Múnich, Edimburgo, Deauville y Yubari (Japón). El Mariachi se convirtió en la película de menor presupuesto estrenada por un gran estudio y en la primera cinta americana estrenada en español. Rodriguez escribió sobre estas experiencias en Rebel Without a Crew (traducido en España como "Rebelde Sin Pasta").