La orquesta está dirigida por Alexis Lozano quien toca varios instrumentos musicales entre los que se encuentran el bajo y la trompeta. La agrupación nació en Quibdó, la capital del Chocó, una región costera del Pacífico de Colombia con una gran población afro-colombiana. Lozano comenzó su carrera musical en conjunto con Jairo Varela. Los dos músicos se reunieron cuando todavía eran estudiantes en Bogotá y co-fundaron el grupo Niche, con el que Lozano grabó cuatro álbumes: Al Pasito (1979), Querer es poder (1981), Prepárate Grupo Niche, vol. 2 (1982), y Niche (1983).
Lozano se desvinculó de Varela y fundó su propio grupo, Orquesta Guayacán, que hizo su debut discográfico con el disco Llegó la hora de la verdad lanzado en 1985,[1] seguido de La sangre que alborota en 1987 y Guayacán es la orquesta en 1988. Esta encarnación temprana de Orquesta Guayacán cuenta con un cartel como co-fundador de Richie Valdés (voz) y sus hermanos William (timbales) y Julio César Valdés (bajo), junto con Juan Lozano (voz) y Tanenbaum (teclados), aunque Richie y William Valdés dejaron el grupo después del disco Guayacán es la orquesta y se unió a Varela en el Grupo Niche. Lozano encontró sustitutos y continuó hacia adelante.
La orquesta empezó su consolidación a partir de 1990 tanto en Colombia como en Estados Unidos expandiéndose después a Latinoamérica. Algunos de sus éxitos más sobresalientes son: «Te amo, te extraño», «Cada día que pasa», «Un amor a cuenta gotas», «Amalia de noche», «Oiga, mire, vea», «Invierno en primavera», «Como una hoguera», «Mi muchachita», «Un vestido bonito» y «Yolanda», los cuales ocuparon los primeros lugares en las listas de popularidad tanto nacionales como internacionales. La orquesta ha lanzando una serie de álbumes populares desde la década de los 1990 y a la fecha siguen cosechando éxitos aunque con menos trascendencia debido a la popularidad de otros géneros musicales que han dominado las frecuencias radiodifusoras dedicadas a los géneros afro-antillanos como el reggaeton y la bachata.
El 16 de febrero de 2011, Jairo Ruiz Damian, uno de los primeros fundadores de la Orquesta Guayacán murió en Veracruz, México. Se lo encontró ahorcado y sin vida en su domicilio. Fue conocido por la interpretación de temas como «Invierno en primavera», «Amor a cuenta gotas», «Cada día que pasa», entre otros.[2