En su ciudad natal, Wisin trabajaba de peluquero, mientras que Yandel había concluido estudios de teatro e interpretación. Con unos mismos gustos musicales, iniciaron su carrera musical con la publicación de temas en diversos recopilatorios. En 1998 colaboraron en No Fear 3, una producción de DJ Dicky; al año siguiente, en La Misión, Vol.1, de la discográfica Fresh Production. Este último fue disco de oro, y la productora se apresuró a apadrinar la producción del primer álbum del dúo Wisin y Yandel, titulado Los Reyes del Nuevo Milenio (2000).
Desde entonces Wisin y Yandel cosecharon un éxito tras otro. Además de seguir presentando novedades en los sucesivos volúmenes de La Misión, publicaron otros tres álbumes y cada uno de ellos fue disco de oro: De Nuevos a Viejos (2001), Mi Vida… My Life (2003) y De Otra Manera (2004). Su trayectoria se vio recompensada con el Premio Tu Música 2002 en la categoría de mejor dúo de rap y reggaetón. A pesar del éxito se temió una separación del dúo en 2004, cuando aparecieron sendos álbumes suyos por separado: Wisin lanzó El Sobreviviente, mientras Yandel publicaba ¿Quién contra mí?
Esta separacion hizo que cada uno se hiciera fuerte en su mejor faceta. Aunque las ventas fueron considerables, la posible separación de Wisin y Yandel no pasó de ser un momento fugaz de su biografía. En 2005 el dúo presentó Pa’l Mundo, otro éxito fulgurante, con temas tan populares como Rakata y Noche de Sexo. El álbum les valió una nominación a los Premios Billboard.
Ese mismo año anunciaron la creación de su propio sello discográfico, WY Records, con el que publicaron en noviembre del 2006 Los Vaqueros un álbum recopilatorio de reggaeton, este disco presenta a varios artistas, como Hector “El Father”, Tony Dize, Franco “El Gorilla”, Gadiel y El Tio. La mayoria de artistas firmados por su nuevo sello disquero. La producción inmediatamente se posicionó en los primeros lugares – entre los primeros 40 de los éxitos más calientes latinos - el corte promocional del sencillo “Pegao”. El DVD, llamado “Los Vaqueros Collector’s Edition” salió a la venta luego del CD, este DVD contiene extras, como videos, entrevistas, wallpapers, etc. Se llamó “Collector Editor” por el agregado del DVD.
En el 2007 lanzan “2010 Lost Edition” un disco recopilando canciones viejas que no fue muy aceptando por el publico y el estilo no era parecido al que utilizan en la actualidad. Tambien “Pa’l Mundo, First Class Delivery”. Pero fue “Los Vaqueros Wild Wild Mixes” en el que se pueden encontrar tres versiones del tema “Yo Te Quiero”, del dúo, con Jayko y del dúo junto a Luis Fonsi. Ese mismo año realizan su primer concierto en vivo grabado para una produccion llamado “Tomando Control: Live”.