Nació un 8 de abril en Juliantla, Guerrero. A los ocho años de edad fue internado en una escuela en Guanajuato. Fue una época en la que empezó a manifestar su creatividad en diversas formas de expresión artística, como la poesía, la prosa y la música.
Joan Sebastian todavía recuerda sus primeros versos infantiles. Se los dedicó a Juliantla… Hay un pueblo que está en la montaña, sin bullicio ni ruido de coches, tiene un sol que de luces lo baña, y una luna que alumbra sus noches
Su maestra pensó que los había copiado, pero su posterior conocimiento de este alumno tan imaginativo le demostró que estaba en un profundo error.
A los 11 años regresó a Juliantla, donde en directa e íntima comunión con esa tierra que lo vio nacer, fue descubriendo una nueva forma de ver el mundo y empezó a componer más en serio, según sus propias palabras.
A los 12 años fue internado nuevamente, ahora en el estado de Morelos, donde estuvo bajo el cuidado de "un cura ejemplar, el padre David Salgado". Joan Sebastian revela que a partir de ese momento quiso ser sacerdote, idea que fue rechazada por su padre, pero bien recibida y apoyada por su abuela.
Su determinación fue tan fuerte que a los 14 años ingresó al Seminario Conciliar de San José, en Cuernavaca. Allí creció su vocación por la música y pudo hacer varios trabajos junto a otros seminaristas. Incluso compuso una misa. Finalmente comprendió que su verdadero camino era la música y no el sacerdocio.
Tenía 17 años cuando abandonó el seminario para dedicarse en cuerpo y alma a la carrera musical. Para sobrevivir se empleó como auxiliar de administración en el Departamento de Hospedaje del Centro Vacacional Oaxtepec, donde liberaba su energía musical cantando a través del equipo intercomunicador. Transcurría 1968, un año problemático y de conflictos sociales en México.
Una noche llegó Angélica María, quien buscaba una cabaña para pasar la noche; mientras esperaba platicaron. Le preguntó si él cantaba y al día siguiente él le interpretó unas seis canciones. Todas le gustaron. Le sugirió que las grabara y le dio el número telefónico de Eduardo Magallanes.
Su sueño se convirtió en proyecto. Joan Sebastian partió a la Ciudad de México, donde le informaron que Magallanes estaba de gira, y después de tocar muchas puertas, seis meses después grabó su primer disco. Fue la locura cuando en Ciudad Obregón, Sonora, se vendieron 12 mil copias de su canción Descartada. Sus canciones empezaron a tocarse por todos lados.